Карачаево-Черкесия занимает 19-е место в Российской Федерации по количеству предприятий, занимающихся разведением племенных животных. В республике активно проводится целенаправленная селекционно-племенная работа с лошадьми карачаевской породы, овцами карачаевской породы, яками породы сарлык, с крупным рогатым скотом абердин-ангусской породы.
Результатом этой направленной деятельности явилось получение в 2011 году статуса племенных репродукторов следующими хозяйствами (в дополнение к уже имеющимся): ООО ПР «Ахтамас» Зеленчукского района (племенной репродуктор по разведению КРС абердин-ангусской породы); ООО «Югагрохим» г. Черкесск (племенной репродуктор по разведению КРС абердин-ангусской породы); ЗАО «Пчелопром» Усть-Джегутинского района (племенной репродуктор по разведению пчел карпатской породы); ООО «Тандем» Прикубанского района (племенной репродуктор по разведению КРС абердин-ангусской породы); СПК ПР «Казенна» (племенной репродуктор по разведению лошадей карачаевской породы); ООО ПР «Икар» Зеленчукского района (племенной репродуктор по разведению лошадей карачаевской породы); ООО «Меркурий» Малокарачаевского района (племенной репродуктор по разведению лошадей карачаевской породы).
В 2012 году еще два хозяйства получили статус племенных репродукторов: КФХ «Дарик» Карачаевского района (племенной репродуктор по разведению овец карачаевской породы) и ООО «Конезавод «Мустанг» Прикубанского района (племенной репродуктор по разведению лошадей карачаевской породы).
Всего на территории Карачаево-Черкесской республики, по данным Государственного племенного регистра, действуют 39 сельскохозяйственных предприятия различных форм собственности, обладающих правом на осуществление племенной деятельности.